用改革的思路和办法解决导致腐败现象发生的深层次问题，是从源头上预防和治理腐败的根本途径。党中央、国务院高度重视反腐败治本抓源头工作。自十一届三中全会至今的三十多年的时间里，我们党对反腐败治本抓源头工作，经历了一个认识逐步深化、力度不断加大、领域日益拓宽的发展过程。
党的十一届三中全会以后，针对改革开放初期出现的党内和经济领域中的不正之风和违法乱纪行为，以邓小平同志为核心的党的第二代中央领导集体，坚持“两手抓、两手都要硬”，在集中精力领导经济建设的同时，旗帜鲜明地提出了“执政党的党风问题是有关党的生死存亡的问题”这一重大论断，要求全党积极探索在不搞政治运动的条件下端正党风、反对腐败的有效途径。在整顿党风、反对腐败的实践中，我们党逐步认识到要遏制腐败、解决腐败问题，光靠刹风整纪、光靠治标是不够的。因此，1987年10月中央纪委向党的十三大的工作报告指出，“只是就事论事，是不能从根本上遏止不正之风的”，从而提出了要加强教育和制度建设的任务。
党的十三届四中全会以后，以江泽民同志为核心的党中央，高举邓小平理论伟大旗帜，继续坚持以经济建设为中心，同时把惩治腐败摆到了稳定全局的突出位置上。1990年4月，党的十三届六中全会通过《中共中央关于加强党同人民群众联系的决定》，在全党以整风精神开展党性党风教育，着力克服党内滋长起来的官僚主义、主观主义、形式主义、个人主义的不良倾向和以权谋私等腐败现象。1992年10月，中央纪委向党的十四大的工作报告提出，要“妥善处理纠正与防范、治标与治本、阶段性与连续性的关系，坚决而持久地搞好党风和廉政建设”。这是我们党在反腐倡廉的文件中第一次正式提出“治本”的概念和“妥善处理治本与治标的关系”这一要求。
党的十四大以后，党中央作出了加强反腐败斗争的决定，提出了加强领导干部廉洁自律、严肃查办违纪违法案件、认真纠正部门和行业不正之风的三项工作格局。十四届中央纪委第二次全会报告进一步指出，反腐败必须既治标又治本、从源头抓起，做到标本兼治、综合治理。进入90年代中后期，随着社会主义市场经济的发展，治本的有利条件不断增加，反腐败治本力度逐步加大。党的十五大强调：标本兼治，教育是基础，法制是保证，监督是关键。中央纪委向党的十五大的报告中提出：“加大反腐败工作力度，必须标本兼治，综合治理，从源头上抓起。”十五大前后，中央相继出台了一系列推进体制机制制度改革的重大举措：1995年，十四届中央纪委第五次全会提出清理“小金库”的要求；1997年，十四届中央纪委第七次全会提出要落实党政机关与所办经济实体脱钩和行政性收费、罚没收入实行“收支两条线”规定；1998年，中央决定军队武警部队和政法机关不再从事经商活动；十五届中央纪委第二次全会提出，深化改革，减少和消除滋生腐败的条件，改革会计人员管理体制，建立有形建筑市场；1999年，十五届中央纪委第三次全会提出，推行领导干部任期经济责任审计制度和会计委派制度，推行村务公开、厂务公开和政务公开。十五届中央纪委第五次全会上部署了推进行政审批制度、财政制度、干部人事制度等三大改革，实行经营性土地使用权出让招标拍卖、建设工程项目公开招标投标、政府采购、产权交易等四项制度。
党的十六大认真总结改革开放以来反腐倡廉的实践经验，进一步提出“坚决反对和防止腐败，是全党一项重大的政治任务”，第一次将“防止”与“反对”并列强调，作为深化反腐败工作的重要指导思想提了出来。十六届三中全会着眼于整体性、系统性推进反腐倡廉工作，提出要建立健全与社会主义市场经济体制相适应的教育、制度、监督并重的惩治和预防腐败体系；十六届四中全会从加强党的执政能力建设的要求出发，确立了“标本兼治、综合治理、惩防并举、注重预防”的反腐倡廉战略方针；十六届六中全会提出，为适应中国特色社会主义经济建设、政治建设、文化建设、社会建设“四位一体”的总体布局，要积极拓展从源头上防治腐败工作的领域。
党的十七大把“标本兼治、综合治理、惩防并举、注重预防”的反腐倡廉战略方针写入党章，强调扎实推进惩治和预防腐败体系建设，在坚决惩治腐败的同时，更加注重治本，更加注重预防，更加注重制度建设，拓展从源头上防治腐败的工作领域。这是我们党在科学判断、准确把握党风廉政建设和反腐败斗争形势和任务的基础上，对当前和今后一个时期反腐倡廉建设提出的新要求。
胡锦涛同志在十七届中央纪委第二次全会上进一步强调指出，要着力把握和体现改革创新、惩防并举、统筹推进、重在建设的基本要求，以改革精神推进制度建设，以创新思路寻求治本办法，更加科学有效地防治腐败。
纵观改革开放以来的党风廉政建设和反腐败斗争历程，可以看出：党风廉政建设和反腐败斗争由一开始的“侧重遏制”到“标本兼治、综合治理”，再到“标本兼治、综合治理，逐步加大治本力度”，直至提出“标本兼治、综合治理、惩防并举、注重预防”的战略方针，这是我们党从我国现阶段基本国情出发，在实践中不断总结经验，不断适应党的建设和反腐倡廉形势的发展变化，正确处理治标与治本、惩治与预防关系所作的历史选择，也是在改革开放和发展社会主义市场经济条件下更好地防治腐败，推动反腐倡廉建设向纵深发展的必然要求。随着反腐倡廉建设的深入，反腐败治本抓源头的实践领域还将不断拓展，其地位和作用也必将越来越重要。
近年来，按照党中央、国务院的部署，各级纪检监察机关按照“三个更加注重”的要求，针对腐败易发多发的重点领域和关键环节，会同有关部门把规范权力运行、健全市场机制、强化监管惩处结合起来，扎实推进体制机制改革创新，取得了新的积极进展。
行政审批制度改革方面。行政审批制度改革是深化行政管理体制改革的重要举措，是规范行政权力、转变政府职能的有效途径。2001年，党中央国务院决定在全国全面推行行政审批制度改革。10年来，行政审批制度改革工作始终健康有序、扎实有效地向前推进，取得了重要成果。国务院分五批共取消和调整了2183项行政审批项目，占各部门原有审批项目总数的60.6%；各地区也取消和调整了一半以上的审批项目。同时，积极推广网上审批和电子监察，加强行政审批服务中心建设，审批程序得到简化，审批行为逐步规范，行政审批的监督制约机制初步建立。
财税管理体制改革方面。1993年中央决定对行政事业性收费和罚没收入等财政性资金实行“收支两条线”管理改革。十多年来，以“收支两条线”管理为突破口，中央政府和各省（区、市）积极推进财政管理制度改革，形成了公共财政的基本框架。预算监督和公开力度加大，报送全国人大审议的部门预算数量已增加到98家，政府性基金预算编制和管理制度得到完善，政府性基金预算收支科目进一步细化。国库集中收付制度改革全面深化，中央和地方超过29万个基层预算单位实施了国库集中支付改革，超过21万个执收单位实施了非税收入收缴管理改革，有效防止了财政资金“跑、冒、滴、漏”的现象发生。
投资体制改革方面。“小而散”项目管理方式改革稳步推进，企业投资项目核准制进一步完善，政府服务意识不断增强。政府投资项目管理进一步加强，政府投资监管逐步强化。政府投资项目决策机制进一步健全，政府投资项目建设管理不断改进，中央预算内投资项目代建制试点范围逐步扩大。